No final dos mais de seis anos em que foi secretário de Estado da Educação, dizia-se que não havia agrupamento de escolas que não tivesse visitado e que conhecia a realidade de cada um. Porém, a braços com uma forte contestação, João Costa demonstra, aos olhos do setor, que não se terá preparado para um eventual retorno dos protestos – expectável com o fim da solução governativa negociada à esquerda – e para um novo estilo reivindicativo levado a cabo por forças sindicais que não seguem os cânones antigos.
Aos 50 anos, este ideólogo do programa de flexibilização curricular, que tantas críticas motivou, então, por parte do PSD e do CDS, vê os docentes na rua (e noutros moldes de paralisação, que eram pouco usuais) a exigir, entre outras medidas, a não descentralização de competências que se relacionem com a gestão da carreira docente e o desbloqueio na progressão de carreiras.