Nos termos do Regulamento que dá execução a uma cooperação reforçada para a instituição da Procuradoria Europeia os Procuradores Europeus são selecionados e nomeados pelo Conselho, entre três candidatos indicados por cada Estado-Membro e após parecer fundamentado de um comité independente de seleção.
O parecer do comité de seleção não é vinculativo para o Conselho a não ser que considere que um dos candidatos não preenche as condições exigidas para desempenhar as funções de Procurador Europeu, decidindo o Conselho por maioria simples.
Compete ao Conselho Superior da Magistratura e ao Conselho Superior do Ministério Público proceder à seleção e indicar ao Ministro da Justiça três candidatos de cada magistratura a Procurador Europeu, os quais são ouvidos pela Assembleia da República e após, por despacho do Ministro da Justiça, designados os três candidatos a indicar ao Conselho da União Europeia.
A graduação atribuída pelos conselhos superiores das magistraturas e, bem assim, a do Ministro da Justiça, não são vinculativas para o comité de seleção, nem para o Conselho que pode decidir por maioria simples qual dos três candidatos está em melhores condições de exercer o mandato de seis anos.
A escolha deverá ter por base os critérios de seleção previstos no Regulamento e de que são condições preferenciais, nomeadamente: a experiência na investigação de crimes contra os interesses financeiros da União Europeia; experiência em investigações de natureza transfronteiriça; a experiência de gestão e coordenação de equipas; e, um excelente conhecimento do quadro institucional e legal da União Europeia.
O Conselho adotou a proposta do comité independente de seleção em relação a todos os estados, com três exceções, uma das quais Portugal.
Ao assumir uma escolha para Procurador Europeu diversa da indicada pelo comité independente e sem apresentar uma justificação para a divergência fez soar o alarme do risco de politização da Procuradoria Europeia.
Não obstante o cuidado do Regulamento comunitário que estabelece o seu regime em serem estabelecidas garantias institucionais para garantir a sua autonomia e independência, é necessário que efetivamente exista tal independência em relação ao poder executivo ou qualquer outra autoridade nacional.
Podendo o Conselho decidir por um candidato diferente do indicado pelo comité independente, por maioria simples, existe elevado risco de substituição de uma verdadeira seleção europeia independente pela preferência dos governos nacionais.
Tal receio é acentuado pela polémica gerada em torno do fornecimento de dados incorretos, por via diplomática, pelo Governo de Portugal em relação ao candidato que veio a ser escolhido pelo Conselho em detrimento da opção do comité independente, deixando no ar a suspeita de influência política do Governo junto do Conselho pela escolha de um determinado candidato através do fornecimento de dados incorretos sobre o mesmo.
Esta forma de atuação coloca em causa a integridade do processo de seleção e, em consequência, da credibilidade e independência da própria Procuradoria Europeia .
Não podemos esquecer que uma interferência dos Governos dos Estados Membros na seleção dos Procuradores Europeus, conduzindo à escolha de candidatos mais permeáveis a uma influência e interferência políticas, pode pôr em causa a autonomia e independência da Procuradoria Europeia, atentas as amplas competências atribuídas ao Procurador Europeu no âmbito da supervisão das investigações e ações penais pelas quais são responsáveis os Procuradores Europeus Delegados competentes nos respetivos Estados-Membros de origem e as que lhes podem ser delegadas pelas Câmaras Permanentes, designadamente a decisão sobre a dedução da acusação ou o arquivamento, e, fragilizando, dessa forma, a confiança por parte de todos os Estados, na sua atuação, que se revela essencial e necessária ao seu funcionamento e à sua eficácia.