Na carta enviada para o Ministério da Educação e Ciência (MEC), o órgão que representa os reitores das universidades portuguesas mostra apreensão pela integração da FCCN na Fundação para a Ciência e Tenologia (FCT). A missiva foi enviada a 21 de dezembro (o Governo só publicou o decreto-lei que determina a extinção a 31 de dezembro), sendo assinada por Fernando Mira da Silva (do Técnico) e Maria Lígia Ribeiro, da Univesidade do Porto.
O CRUP dá eco aos rumores que dão conta de uma iminente debandada de técnicos qualificados da FCCN com a passagem de quadros para um estatuto similar ao da Administração Pública, que tem como consequência o congelamento e a redução de salários. A este argumento, o CRUP é acrescenta outro de ordem prática: «(…) Não se antecipa como a FCT, entidade com vocação financiadora do sistema científico e mas independente deste, pode integrar e gerir de forma eficaz uma infraestrutura técnica operacional que é, na prática, parte integrante do sistema científico e universitário», denuncia a missiva dos reitores, num alerta para o facto de nenhum operador de telecomunicações comercial estar em condições de fornecer a qualidade de serviço da atual rede informática das universidades, que hoje é mantida pela FCCN.
Os reitores questionam ainda a capacidade e a competência da FCT para responsabilizar-se por serviços como a interligação das redes de operadores de telecomunicações e da atribuição de endereços dentro do domínio de topo .pt.
O CRUP conclui que a integração da duas fundações é «lesiva para os interesses das Universidades» e insta o MEC a reforçar «a independência operacional dos serviços da atual FCCN» que vão ser integrados na FCT. A finalizar, o CRUP reclama ainda a manutenção do papel de fiscalizador dos serviços que transitam da FCCN para a FCT.