Os frades mendicantes da ordem de S. Francisco (franciscanos) chegaram ao Porto por 1233. Mas tiveram muitas dificuldades para construir, na cidade, um convento para a comunidade. Trouxeram com eles uma autorização papal, passada, naquele mesmo ano, pelo Papa Gregório IX, mas D. Pedro Salvadores, bispo da diocese, proibiu os pobres frades de construírem no Porto a sua casa conventual. Foi mais longe, o austero prelado: excomungou o cidadão que oferecera o terreno para a construção do convento; mandou destruir a obra que já estava feita; e considerou os frades “hereges e gente prejudicial ao mundo…”
Com o rodar do tempo, porém, e a mediação do arcebispo de Braga, tudo se viria a consertar, entre frades e bispo, e o mosteiro lá se foi erguendo. A igreja só começaria a ser construída bastante mais tarde, aí por 1383. Do mosteiro nada resta. Um incêndio, durante o Cerco do Porto (1832/1833), reduziu a cinzas a antiga casa dos franciscanos.
Com a extinção das ordens religiosas, em 1834, a rainha D. Maria II ofereceu o que restava do convento à classe comercial da cidade que sobre as suas ruínas construiu a sede da prestigiada Associação Comercial do Porto, o Palácio da Bolsa.
Ficou a igreja. Hoje uma das mais belas do Porto, com um riquíssimo revestimento interior de talha dourada que lhe conferiu o direito a ser considerada a “igreja de ouro” do Porto. Pois, mas com a extinção da ordem franciscana, e a fuga dos frades, a igreja foi votada ao mais completo abandono. Chegou a servir de armazém da alfândega. A única igreja gótica do Porto. Mais: a riquíssima capela-mor deste templo, onde repousam as grandes figuras do Porto renascentista, como os Brandões do cancioneiro, e os Leites Pereiras, da Casa de Ramalde, esteve para ser demolida. É verdade.
Quando, aí por 1837, se decidiu prolongar uma rua já existente à entrada do largo de S. Domingos, até à beira rio, o projeto prévia a destruição da capela-mor da igreja que anos mais tarde viria a ser classificada como monumento nacional. Valeu, na circunstância, a oportuna intervenção da Venerável Ordem Terceira de S. Francisco que oficiou à rainha pedindo – lhe que impedisse um crime de lesa património. A monarca interveio no caso e confiou a guarda do templo àquela ordem terceira. A igreja de S. Francisco é, na atualidade, um dos monumentos do Porto mais visitados… por estrangeiros.