Licenciado em Medicina pela Universidade de Lisboa com uma média final de 19,47 valores, foi professor catedrático de neurocirurgia da Faculdade de Medicina de Lisboa e foi diretor de serviço de neurocirurgia do Hospital de Santa Maria, em Lisboa.
O neurocirurgião dedicou-se principalmente ao estudo do hipotálamo e da hipófise.
No ano passado, foi-lhe atribuído o Prémio Nacional de Saúde 2015, altura em que foi recordado como o primeiro médico da história a implantar um olho eletrónico num cego, um implante que desde então já foi feito em 15 invisuais, permitindo-lhes ver algumas formas e distinguir certas cores.
No último dia de 25 de abril recebeu das mãos do Presidente da República a Grã-Cruz da Ordem da Liberdade. Já antes tinha recebido a Grã-Cruz da Ordem do Infante D. Henrique e a Grã Cruz da Ordem Militar de Sant’Iágua de Espada.
Depois de agraciado em 1996 com Prémio Pessoa, recebeu em 2003 a Medalha de Ouro de mérito do Ministério da Saúde e em 2013 o Prémio da Universidade de Lisboa.
Foi Vice-Presidente para a Europa do World Federation of Neurosurgical Society (1990), Presidente da Sociedade Europeia de Neurocirurgia (1999-2003), do Conselho Superior de Ciência, Tecnologia e Inovação (2003-2006), da Sociedade de Ciências Médicas de Lisboa e da Academia Portuguesa de Medicina e Professor Convidado da Universidade de Pequim.
A nível político, foi mandatário nacional das candidaturas presidenciais de Jorge Sampaio, em 1996 e de Cavaco Silva em 2006.
Com Cavaco Silva, Lobo Antunes fez depois parte do Conselho de Estado.
